晴(🈁)朗时(🎺)节，江户川柯南（高山南配音）和毛利小五郎（小(🤵)山力也配(😮)音）、小兰（山崎和佳奈配(🛩)音）以(🎤)及少年(🐗)侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自(🎣)卫队的宙斯盾战舰，体验(💶)一(⛏)把出海作战的(📃)感(🚌)觉，期间还(🕗)结识(🚹)了美丽(🔃)又有着几分神(📴)秘的女自卫(🎳)队(🏩)员(🛡)藤井七海（柴咲幸配音）。谁知快乐的氛(👥)围很快(🧗)被恐慌所替代，战舰上突然(🐵)发现一条断掉的手臂，消(🍅)失的自卫队员(🍟)又引起(🌒)军方的恐慌与猜(♌)测(🛹)。原(🕔)来某国(🎄)神秘间谍X已(🛂)悄悄登上宙(🕕)斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美配音）、阿笠博(👀)士（绪方贤一配音）、服(🍹)部平次（堀川亮(🈵)配音）以及(🍩)远(💹)山(🎬)和叶（宫村优子配音(⏺)）通力(🌏)合作，与间谍展开连番(🎈)斗智斗勇的较量…(🧐)…